Vi sinh vật bản địa (tiếng Anh viết tắt là IMO) là những vi sinh vật có sẵn tại địa phương, nghĩa là tại vườn, trang trại, vùng canh tác của địa phương. Phục hồi hệ vi sinh vật đất là một hoạt động vô cùng quan trọng trong chuyển đổi và duy trì khu vườn canh tác hữu cơ.
Nhiều khu vườn khi chuyển đổi từ canh tác thông thường sang canh tác hữu cơ thì hệ vi sinh chưa kịp phục hồi do đó chung ta cần áp dụng kỹ thuật thu thập và nhân nuôi vi sinh bản địa. Cách làm như sau:
Nguyên liệu: Cơm nguội, rỉ mật đường (nếu không có rỉ mật đường đỏ) tỉ lệ 1:1.
Bước 1: Làm thức ăn và thu thập vi sinh vật bản địa: Trộn đều cơm nguội và rỉ mật đường (hoặc đường đỏ) rồi để vào bát nhỏ và để nơi râm mát, cần lấy vi sinh ở đâu thì đặt ở đó, có thể đặt ở bụi tre, gốc dừa, ven rừng cây.
Bước 2: Để cho cơm nguội và đường lên men (mốc trắng chuyển sang mốc xanh) khoảng 5 -7 ngày. Như vậy là 1 số loại nấm đã sinh sống trong bát thu thập vi sinh bản địa rồi)
Bước 3: Sử dụng vi sinh vật bản địa: Sau khi đã bẫy và nhân nuôi được lượng lớn (nhân sinh khối). Chúng ta cho vi sinh vật bản địa vào các phế phụ phẩm, ủ phân chuồng, mùn bã thực vật sẽ giúp các thực vật nhanh hoai mục và không có mùi hôi thối.
Hiện nay, có nhiều Doanh nghiệp đầu tư công nghệ và sản xuất chế phẩm vi sinh từ các chủng vi sinh bản địa tại Việt Nam (theo công bố của doanh nghiệp), và chúng ta có thể sử dụng các chế phẩm này trong canh tác hữu cơ như: Chế phẩm EM1